คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยบูรพา จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 2 กันยายน พ.ศ. 2545 โดยมติสภามหาวิทยบูรพา ในการประชุมครั้งพิเศษ/ 2545 เห็นชอบให้จัดตั้งเป็นหน่วยงานภายใน และได้จัดตั้งเป็นส่วนงาน ตามประกาศ มหาวิทยาลัยบูรพา เรื่อง การจัดตั้งส่วนงาน และภาระหน้าที่ของส่วนงาน (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2541 ซึ่งประกาศใน ราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ 15 สิงหาคม 2551 มีหน้าที่จัดการศึกษา การวิจัยและบริการวิชาการทางด้านแพทยศาสตร์ โครงการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยบูรพา ได้ริเริ่มดำเนินการตั้งแต่ปีงบประมาณ พ.ศ. 2537 จากแนวความคิด ในการขยายงานศูนย์วิทยาศาสตร์สุขภาพ มหาวิทยาลัยบูรพา เป็นโรงพยาบาลมหาวิทยาลัยบูรพาขนาด 500 เตียง เพื่อเป็น โรงพยาบาลสำหรับรักษาและฝึกปฏิบัติงานของนิสิตแพทย์ พยาบาลและสาธารณสุข มหาวิทยาลัยบูรพาจึงแต่งตั้ง คณะกรรมการโครงการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ และได้ขอปรึกษากับทบวงมหาวิทยาลัยบูรพา (สำนักงานคณะกรรมการ การอุดมศึกษาในปัจจุบัน) ซึ่งให้ความเห็นว่า ให้ดำเนินการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ในลักษณะของการจัดตั้งคณะใหม่ มิใช่การขยายขากหน่วยงานเดิม มหาวิทยาลัยจึงได้ดำเนินการเสนอโครงการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ไว้ในแผนพัฒนา การศึกษาระดับอุดมศึกษา ระยะที่ 8 (พ.ศ. 2540 - 2544) และระยะที่ 9 (พ.ศ. 2545 - 2549) โดย มหาวิทยาลัยบูรพา ได้มีการเตรียมการต่างๆ ลุล่วงด้วยดีตลอดมา

การเตรียมความพร้อมของประเทศไทยเพื่อเข้าสู่ประชาคมอาเซียน (ASEAN Community: AC) ในปีพุทธศักราช ๒๕๕๘ โดยได้ลงนามข้อตกลงทางการค้าเสรีในอาเซียน (ASEAN Free Trade Area: AFTA) ส่งผลให้มีการขยายตัวทางเศรษฐกิจ เกิดการเปลี่ยนแปลงของสังคมและสิ่งแวดล้อมอย่างรวดเร็วการเติบโตทางเศรษฐกิจนี้ทำให้เกิดการจ้างงานทั้งในภาคอุตสาหกรรมและเกษตรกรรม สร้างรายได้จำนวนมหาศาล แต่จากสภาพแวดล้อมและปัจจัยเสี่ยงที่เกิดจากการทำงานในระยะเวลาหนึ่งก็จะส่งผลกระทบต่อสุขภาพของประชากรวัยทำงานด้วยเช่นกันกระทรวงแรงงานจึงได้ออกกฎกระทรวงกำหนดหลักเกณฑ์และวิธีการตรวจสุขภาพของลูกจ้าง และส่งผลการตรวจแก่พนักงานตรวจแรงงาน พ.ศ. ๒๕๔๗ หมวด ๑ การตรวจสุขภาพ ข้อ ๓ ให้นายจ้างจัดให้มีการตรวจสุขภาพของลูกจ้างที่ทำงานเกี่ยวกับปัจจัยเสี่ยงโดยแพทย์แผนปัจจุบันชั้นหนึ่งที่ได้รับใบอนุญาตประกอบวิชาชีพเวชกรรมด้านอาชีวเวชศาสตร์หรือที่ผ่านการอบรม ด้านอาชีวเวชศาสตร์และจากสถิติสำนักงานประกันสังคมพบว่าสถานการณ์การเกิดโรคจากการทำงานและอุบัติภัยต่างๆ ตลอดจนความซับซ้อนของการเกิดโรคและการวินิจฉัยโรคที่เกี่ยวเนื่องจากการประกอบอาชีพมีมากขึ้น

คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยบูรพา ได้ตระหนักถึงความสำคัญและความร่วมมือกับองค์กรวิชาชีพในการพัฒนาบุคลากรทางการแพทย์ให้มีความรู้ความสามารถด้านอาชีวเวชศาสตร์เพื่อนำไปประยุกต์ปฏิบัติงานให้เกิดประโยชน์สูงสุดแก่แรงงานและประเทศชาติได้โดยตรงอีกทั้งขยายเป้าหมายการฝึกอบรมเฉพาะแพทย์ที่ประจำสถานประกอบการ คลอบคลุมไปยังกลุ่มแพทย์ที่เกี่ยวข้องกับงานอาชีวอนามัย ในสถาบันและองค์กรต่างๆ เพิ่มขึ้นจึงได้ประสานงานกับกลุ่มองค์กรแพทย์ด้านอาชีวเวชศาสตร์จากสมาคมโรคจากการประกอบอาชีพและสิ่งแวดล้อมแห่งประเทศไทยกรมการแพทย์ กระทรวงสาธารณสุข สำนักงานประกันสังคม มหาวิทยาลัย ร่วมวางแผนจัดการอบรมแพทย์อาชีวเวชศาสตร์หลักสูตรระยะสั้นขึ้น เพื่อเป็นการตอบสนอง ความต้องการของประเทศและ สถานประกอบการที่มีจำนวนเพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่อง การอบรมนี้เป็นการพัฒนาศักยภาพแพทย์ด้านอาชีวเวชศาสตร์และสิ่งแวดล้อม ทำให้แพทย์สามารถนำความรู้และประสบการณ์ไปประยุกต์ใช้ในการดำเนินงานด้านอาชีวอนามัย ทั้งในสถานพยาบาลของภาครัฐและเอกชน เพื่อการเฝ้าระวัง ป้องกัน วินิจฉัยโรค รักษาพยาบาล ตลอดจนการฟื้นฟูสมรรถภาพกลุ่มผู้มีความเสี่ยงจากการทำงานและผู้ที่ได้รับบาดเจ็บจากการทำงานได้อย่างมีประสิทธิภาพ

ทั้งนี้ในการจัดตั้งโครงการนี้จะจัด ๑ ครั้งต่อ ๑ ปีเท่านั้น โดยมีการพัฒนาหลักสูตรและรายวิชาที่อบรมพร้อมทั้งการเข้าเยี่ยมชมโรงงานหรือบริษัทเพื่อให้ผู้ที่เข้าร่วมอบรมได้มีการเรียนรู้ที่มีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้น